４.１　シロイヌナズナデータベース調査例（１）

第1位（本調査におけ る利用データベースアンケート結果）

TAIR(The Arabidopsis Information Resource)

URL: http://www.arabiopsis.org
開発機関：Carnegie Institution of Washington, Dept. of Plant Biology, National Center for Genome Resources

The Arabidopsis Information Resource(TAIR)はArabidopsis thalianaの 遺伝子及び分子生物学データのデータベースで ある。TAIRは世界中の 11000人以上の研究者、4000以上の研究機関によるArabidopsis thalianaの 研究結果を包括的にまとめた統合データリソースであり、それらの情報はオンラインで公開されている。連携し ているデータベースは MIPS, MAtDB, TIGR's ATH1, NCBI RefSeqである。

TAIRで利用できるデータは、完全長ゲノム配列、遺伝子構造、遺伝子生成物情報、metabolism、遺 伝子発現、DNA,種子貯蔵、ゲノムマップ、 遺伝子・物質マーカー、出版物、Arabidopsis研究コミュニティ情報であり、16のデータベース検索、15の解析ツールが利用できる。。

４.１.２ 統計情報（一部）

検索対象：16種類
DNA/Clone, Ecotype, Genes, GO Annotations, Keywords, Locus History, Markers, Microarray Elements, Microarry Experiments, Microarray Expression, People/Labs, Polymorphisms and Alleles, Proteins, Protocols, Publications, Seeds/Germplasms, Sequences

解析ツール：15種類
SeqViewer, MapViewer, AraCyc Pathways, BLAST, WU-BLAST2, FASTA, Pattern Matching, Motif Analysis, VxInsight, Java TreeView, Bulk Data Retrieval, Chromosome Map Tool, Gene Hunter, Restriction Analysis, Gene Symbol Registry

４.１.３ 統合化に向けて参考になる点と課題となる点

参考になる点

• TAIRはArabidopsis thalianaのデータベースとして非常に 統合化されているので、統合化に非常に参考になる。
• 各ファイルのフォーマット情報、データ ベースのスキーマなどドキュメントが充実している。また、開発のプロセスに関する資料も あ るため、統合ゲノムデータベースを設計するうえで基本資料として利用できる情報がある。
• ユーザーインターフェースの統一化が図られているので使いやすい。
• 検索ツールが16種類、解析ツールが15種類と充実している。
• マ ニュアル・FAQなどが充分に整備されている。
• 古いバージョンのデータがアーカイブされていて、各データの更新履歴も整理されているので、データ管理 が容易である・

• 検索機能、ツール類が数多くあり、多機能であるので、全ての機能を把握するのが難しい。
• 主要なシロイヌナズナデータベースは、TAIRと一部データリンクしているが、統合化まではいたってい ない。
• 検索ツール16種類、解析ツールが15種類
• ソースデータのファイル名のつけ方が統一されていないので、管理の際に問題が生じる可能性がある。

４.１.４ 関連情報

参考文献

シロイヌナズナデータベース調査例へ戻る　　ページトップへ